毕业生在撰写论文时，知网查重次数应该控制在3次左右为宜。首先，第一次查重可以帮助学生及时发现文本中的重复内容，进行修改和改进。第二次查重可以确保修改后的论文达到较高的原创性水平。最后一次查重则是为了确认最终提交的论文符合学校的要求，避免不必要的麻烦。

然而，毕业生在进行知网查重时也需注意避免频繁查重的情况，过多的查重次数可能会导致系统误判，影响论文的质量。此外，查重次数过多也会耗费时间和精力，影响论文的进度。因此，在确定毕业生知网查重次数时，应该在保证充分检查的前提下，合理控制查重次数，确保论文质量和原创性。