在使用知网查重工具时，过滤参考文献是非常重要的一步。首先，登录知网账号并进入查重页面，选择需要查重的文档并上传。在设置选项中，一般会有过滤参考文献的选项，勾选即可。另外，也可以在上传文档后，在查重结果中手动排除参考文献部分。通过这些操作，可以有效提高查重结果的准确性和可信度。

另外一个方法是在编辑文档时，将参考文献部分单独提取出来，不包含在需要查重的文档中。这样在进行查重时就不会受到参考文献的干扰。同时，也可以在文档中标注好参考文献部分，以便在查重结果中进行对比和排除。总的来说，过滤参考文献是确保查重结果准确性的重要步骤，需要在操作时认真对待。